银河共和国的克隆人军队正在与分离主义联盟的机器人军队交战。尤达大师的极地学徒亚苏卡·坦诺（Yasuka Tanno）作为阿纳金的学徒加入了克利斯朵夫战役。杜库伯爵设计绑架塔图因·贾巴的幼子。为了获得进入银河系外部的权利，绝地长老派阿纳金、阿苏卡和机器人R2在战斗结束后带领克隆人军队拯救人质，而欧比-万·克诺比则前往塔图因·贾巴讨论联盟事宜。阿纳金一行在泰西的一座寺庙会见了机器人军队和分裂联盟的西斯武士Asaki Ventress。尽管他们救出了贾巴的幼子，但他们没有想到更大的阴谋正在等待他们。这部电影是唯一一部电脑动画《星球大战》电影，也是华纳在《星球大战”系列中发行的唯一一部电影。