有一天，小新（矢岛由子配音）、小葵和米娅（川桥美纪配音）被一群神秘的人绑架了。醒来后，他们发现自己身处一个神秘的基地，原来是一个名为“温泉G集团”的秘密组织，旨在为日本保护珍贵的温泉。然而，新兴的泥土大师Dr.（由Ieysu Ieyasu配音）试图利用“地球温泉计划”彻底击败温泉G组。唯一能阻止污垢专家医生阴谋的是传说中的“金魂温泉”，而经过调查，队员们发现这个温泉恰好位于小新家的地下。小新一家决定帮助温泉G团的其他成员找到金魂温泉，但他们遭到了污垢专家医生的袭击，最终成为囚犯并遭受酷刑。