450年前,试图主宰宇宙的哈迪斯大帝被幻影星纳伦击败,并被星阵封印。450年后的现代,为了复活哈迪斯,他的部下左拉博士派遣机动骑士和宇宙野兽攻击地球。幸运的是,与此同时,幻影神兽Rai Zero Shou也因此觉醒。原本普通的高中生,如就读于京南大学的伊田秀吉、小田裕加和黑贺信也,被召唤化身为幻影神战士,负责保护地球的神圣使命。一场星际战争让人类文明在遥远的星球上开花结果。在一个战乱的时代,涌现出无数英雄人物,让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三股力量拯救地球!