中途相遇的富家子弟郝小文（郝少文饰演）和他的“女仆”丑妹妹，以及先后到达的石小宝和小英，进入了忍者学校学习。以盈利为导向的忍者学校为小文打开了大门，但小宝和小英不得不依靠自己的实力争取录取机会。四位新同学在忍者老师一元（吴孟达饰演）和二次的指导下开始学习忍者。这些顽皮的孩子在生活和学习的各个方面都不忘寻找恶作剧的机会，让学习剑、潜水和吃饭变成了闹剧。催泪瓦斯已经成为他们哭泣和赚取外快的绝密武器。就连校长（黄一飞）也被他们打败了。一天，一位自称是绝世忍者的叔叔参观了一所忍者学校。十年前，他在一次忍者比赛中失利后摔倒了，多年来一直努力寻找他的宿敌。然而，他当时的对手实际上是一位一元钱的老师。他应该如何处理叔叔请求帮助的四个小家伙？