美国深海探测潜艇“赛伦1号”在执行例行任务时坠毁。当局命令潜艇设计师（主角）组织一个由士兵和各种科学家组成的小团队登上另一艘同类型的潜艇“赛人2号”，营救“赛人1号”。成员中包括两名女性，其中一名是潜艇设计师的前妻。搜索线索是“赛伦1号”上的一个“黑匣子”。救援队随后驶向一条非常隐蔽的战壕。途中，黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包围，船长用电击将怪物赶走。三名潜水员外出调查，发现这里的海藻发生了突变，突变幅度惊人。一名潜水员被藏在海藻林中的一种奇怪生物杀死，另外两名幸存者在返回潜艇之前收集了一些变异的海藻。为了避免变异生物的攻击，潜艇进入战壕内部进行探测。然而，人们发现在沟渠底部有一个巨大的洞。潜艇浮出水面，船员们穿着类似宇航服的特殊防护服进入这个深洞穴。他们发现里面有人工挖掘的痕迹，里面充满了变异的生物，有些像巨型蜜蜂，有些像海蛇和恐龙的杂交种。所有生物都携带剧毒物质。在驻潜艇通信指挥官的指示下，队员们继续深入挖掘，寻找丢失的黑匣子。然而，当他们在洞穴巡逻时，一只外星怪物刺穿了一名成员的防护罩，进入了他的身体，迫使成员开枪打死了他。与此同时，潜艇上的变异海藻侵入了潜艇上的饮用水系统，当暴露在海藻或被海藻污染的饮用水中时，会逐渐被侵蚀，变成海藻饲料，导致一名杂工因感染而死亡。队员们划着橡皮筏回到潜艇，被水中的外星人一一淘汰。潜艇设计师、两名女性团队成员和一名男性科学家继续在洞穴中进行调查。他们发现了一个实验室，在一具木乃伊面前的电脑上发现了所有的秘密。事实证明，这条战壕是美国政府为研究生物武器而放弃的秘密基地。科学家通过基因杂交生产了大量生物武器，但由于未知原因，实验发生了意外。所有的科学家都被这些生物杀死了，没有一个幸免。他们试图轰炸实验基地，结果在基因交换室里遇到了最可怕的怪物——一只垂直挂在墙上的多足海星。当每个人都用步枪抵抗这只海星时，一名男性科学家被海星的巨大触角卷走，而一名女性团队成员被海星吸入入口。。。任务结束，这对老情侣回到了潜艇上，但被一直呆在潜艇里的通信指挥官拦截，并透露了真相：实际上没有黑匣子，这次行动的真正目的是取回生物实验的信息光盘，于是，他逐渐引导队员们靠近嗜血的实验室，第一批返回的队员中有两人本可以免受外星人的攻击。也是他把舱门锁上了，让两名队员被外星人活着拉下水。。。通信指挥官实现了他的总体计划，将幸存的三个人锁定在船舱里：老鸳鸯和船长，他们寄生着变异的海藻。幸运的是，潜艇设计师把致命的CD留在了他手中，并提议与通信指挥官合作，将其骗入船舱，并被海藻感染，导致他死亡。当幸存者逃离危险区时，他们发现船长并没有跟随他们进入逃生舱。上尉告诉他们，他在刚刚制服通信指挥官时意外感染了海藻，并决定牺牲自己来摧毁这个秘密基地。最后，这对夫妇带着一张CD和一个逃生舱逃离了恐怖的深渊，返回陆地揭露政府的阴谋，而船长启动了潜艇的自毁系统，炸毁了海沟的出口，并永久封锁了海洋深渊中的变异生物。